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生命系统发生树中文版

2011年05月18日 | 分类: 环保, 生物多样性

五一对我来说一直是一种矛盾时期,因为我从来不明白劳动节那一天为什么要不劳动。就像情人节不理情人、母亲节不理母亲或春节不去拜年。所以今年我决定把这矛盾解决好,劳动节时给自己派点活儿。


刚好不久前,我在网上碰到了由完整基因组被测序的生物制成的生命系统发生树,对我怎样看天下万物实在深有影响。 自从1995年以来已经有150个基因组被解密,将近每个星期有新的物种添加进来。 有了这些基因组的数据,进化生物学家能互相比较生物的基因,而通过分子钟他们能估计每两个物种的同源基因之间的差异程度的进化时间与它们的最后共同祖先的存在时间。在这样的基础上,生物进化学家由已经被完全测序的生物能建设它们的系统发生树,并用发生树上的分支长度对应进化时间、而用分支分叉点对应最后共同祖先存在时间。


我认为这图表是一种奇妙的东西,因为世界上所有的宗教或传统信仰中都有创世神话,说明我们无数的祖先一直觉得人类和生物起源很重要。不过只有达尔文在1859年提出进化论以后,我们才开始逐步地了解真实情况。


后来我意外地发现生命系统发生树除了一个非常简单的图标之外,没有高解析度的中文版,只能找到用拉丁学名的国际版。所以我决定了这次劳动节花一段时间去编辑生命系统发生树的国际版,搜索所有已测序的生物的中文名。虽然这活儿五一开始了,但由于以后的几天工作又忙,然后本·拉登死了,现在才把它做完。开始的时候我还计划找别人帮我做,后来意识到同时不会拉丁文和中文的人没法做好这项任务,因为大部分生物名没在词典里。好在我中学时读了6年拉丁文和部分古希腊文,在互联网上的无数论文中挖掘出正确的中文名不只是有点帮助。比方说,一个生物的拉丁学名是Pseudomonas syringae, 在中国生物谷的资料上翻译为“丁香假单胞菌” ,但syringae只意味着“丁象”,所以正确的中文名是“丁象假单胞菌”,这“香”字是有人打错的,后来这错误被别人拷贝传播。另外有Wolbachia pipientis wMel,找了半天才发现这个无法翻译的wMel部分是来自Wolbachia的第一个字和黑腹果蝇的拉丁学名第二词Drosophila melanogaster的缩写法,所以中文全名要为“黑腹果蝇沃尔巴克氏体”。Solibacter usitatus 没有找到翻译。Corynebacterium efficiens 自己创造了“有效棒杆菌”,应该挺合适。


图表的来源是德国的“互动生命树”网站,会英语的网友可以在上面玩而很多不同的发生树。其实在他们的拉丁学名其中我发现了不少的错误,顺便给纠正了,因此可以说我们的生命系统发生树中文版比原版要准。


由于图表上的细节比较多,点击图表就能看到中号图片,基本上够清楚。在教课或论文有需要的话,高分辨率版(大小为8294px * 6729px)可以这边下载



在发生树上能看到不少深有意思的事情,比如说:

  • 整个动物界在生命发生树中只是一个小部分。本来,事实情况要更极端:动物、植物和所有真核域远不如细菌域的生物多样性。
  • 天下所有的生物都是35亿年到38亿年前漂浮在“原始汤”周围的原胞的无数后代。
  • 人类和所有动物进化距离最近不是花,而是真菌。思考一段时间也可以自己想起来大家在小学学到的原因:动物和真菌都缺乏植物的光合作用。

  • 这里不得不推荐美国作家比尔•布莱森的书《万物简史》。这本书已经被译成40多语言,英文版销售量金600万册。它的最大特点是把很多万物起源的复杂概念用易懂的说法解释。我这边引用一下几个相关段落:“一切生物都是从原先同一蓝图发展起来的产物。作为人类我们不过是发展得更加充分而已。我们每一个人都是一本保存38亿年之久的发霉记录本,涵盖了反反复复的调整、改造、变更和修补。令人惊讶的是,我们甚至与水果、蔬菜十分接近。发生在一根香蕉里的化学反应,和发生在你身上的化学反应约有50%在本质上是一样的。这句话怎么多说也不会过分:所有生命都是一家。”


    这没令人充满谦卑的话,那可以考虑到人类在地质时期上站在哪儿:“请你想象一下,把地球的45亿年历史压缩成普通的一天。那么,生命起始很早,出现第一批最简单的单细胞生物大约是在早上4点钟,但在此后的16个小时里没有取得多大的进展。直到晚上差不多8点30 分,这一天已经过去六分之五的时候,地球才向宇宙拿出点成绩,但也不过是一层静不下来的微生物。然后,周瑜出现了第一批海生植物。晚上9点4分,三叶虫登场了,几乎紧接着出场的是布尔吉斯页岩那些形状美观的动物。快到10点钟的时候,植物开始出现在大地上。过不多久,在这一天还剩下不足两个小时的时候,第一批陆生动物接着出现了。由于十分钟左右的好天气,到了10点24分,地球上已经覆盖着石炭纪的大森林,它们的残留物变成了我们目前的煤。第一批有翼的昆虫亮了相。晚上11点刚过,恐龙迈着缓慢的脚步登上了舞台,支配世界达三刻钟左右,午夜前20分钟它们消失了,哺乳动物的时代开始了。人类在午夜前1分钟17秒出现。”


    或者更精辟一点:“双臂伸展时,一只手的指尖到另一只手的手腕之间的距离代表寒武纪以前的年代。全部复杂生物生命都在一只手里,你只要拿起一把中度粒面的指甲锉,一下了就可以锉掉人类历史”


    简单而言,生命系统发生树就是天下万物的家谱,也包括屏幕前的你。我看了它以后,照镜子的感觉和以前不一样,看墙上的苍蝇、锅里面的蘑菇、走楼梯时闻到垃圾桶的臭味,感觉都和以前完全不一样了。我们还说“人定胜天”,但不管怎么把“定”说成“人心安定”,谁要去胜天最后只能发现是自己把自己给击败了。


    希望我这个小努力能对在国内读生物学的朋友们有点帮助。同样也希望它能给大多数不读生物学的访客带来对所有生物的一个新的评价,特别是下次去买东西时考虑到过度消费正在引起这家生物的大规模消灭。人类应该是这家的家主,好家主不会去破坏自己的家,那么环保也不应该只是一个口号。


    你喜欢这篇文章吗?请帮我改善我的中文写作能力,用文章的维客版纠正语法、句法、词汇错误。革命尚未成功,网友仍须努力!多谢你:)



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    “生命系统发生树中文版”有12 个评论

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    Robinson

    2011年05月27日 上午 9:42

    其实从最简单的逻辑来讲,人们也应该重视环境保护。
    如果,人们污染水资源,那么灌溉农田的污水也会污染农作物,从而污染人的食物。
    饮水很大一部分,来自河流,也许可以通过过滤来使它可以饮用,但是水体是来自河流,如果河流的水已经是被污染的了,那么人们喝到的自来水本身就是来自污水。或多或少会影响饮水健康。
    人的生活材料的所需很大一部分来自自然,如果,将自然资源污染破坏了,那么自然资源的被破坏在一定程度上会将此影响回赠给人,在人从自然环境里去取资源的时候。

    环保的问题,有生态方面的问题,有社会文化文化方面的问题,也许还涉及到很多方面的问题,这个问题我是觉得是一个很复杂的问题,也许还牵涉到人性的问题。

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    gugugli

    2013年08月12日 下午 3:24

    非常感谢你对生命之树的翻译,我们正需要这些资料,翻译起来比较困难,一些菌类名称很难查找中文。
    我们可以直接用你翻译的这份吗?工作用途。
    谢谢!!!

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    范德文

    2013年08月13日 下午 12:39| 编辑

    别客气,为生命服务!可以直接用,希望可以包括文章连接。此外我一直没用成功把这个图标上传到百度百科相关文章,也许你们这方面能帮忙。

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    海语709

    2011年05月18日 上午 8:53

    感谢你的劳动,使我受益匪浅。虽然我不是学生物学的,但喜欢探究未知世界

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    海语709

    2011年05月18日 上午 9:42

    嗨,你翻译的生命之树图片下载下来了,但观看时太卡,不知为啥,我的电脑/配置也不低,是不是图片太大了。推荐一个网站http://goo.gl/JIhOL,可以把很大的图片放在博客上观看。实例http://goo.gl/8G04P

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    范德文

    2011年05月18日 上午 11:21| 编辑

    谢谢海语的建议,我会找一找办法。不过暂时可以下载完以后把它以文件打开,而不在浏览器里打开,这样调整变焦比较方便

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    微光海岸

    2011年05月18日 下午 2:06

    出现第一批最简单的单细胞生物大约是在早上4点钟,但在此后的16个小时里没有取得多大的进展。

    我觉得这句话是错的,这个过程里的发展无可想像,因为是在微观世界里的巨大转变和变化,才导致了晚上8点30 分的质变。
    因为层面过于细微才使人们没有观察到。

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    范德文

    2011年05月19日 下午 12:25| 编辑

    恐怕这估计不依靠想象,而是科学,买任何进化生物学课本就可以查到。

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    微光海岸

    2011年05月19日 下午 6:08

    我仅仅是基于一个理解,没有任何结果会有一个没有意义的过程。更何况这是自然界。

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    Robinson

    2011年05月30日 上午 11:10

    关于环保的问题,我是觉得还有一个角度可以说下。
    在生态系统中,生态平衡会自动调节每一个生物种群的数量或是密度。也就是说,每一个生物种群的密度都受到了生态平衡的控制。

    但是人类很特殊,作为生物链的最高端,已经脱离了这个生态平衡的控制。

    在这种情况下,高密度的人群,在我看来本身就不是一件环保的事了。地球的大小从过去到现在不会有太大的改变,也就是说,它的空间和其中的资源是一个定植,但人类的密度越来越大,那么,这种情况下,其它的生物的生存空间相对而言就大大减小了,就像野生森林越来越少一样。高密度的人群压缩的是地球上别的生物的生存空间。

    从这个角度来说,高密度人群本身就不是一件环保的事。

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    范德文

    2011年05月30日 下午 12:08| 编辑

    ROBINSON网友提到的角度相当重要。生物在地球上的密度自然被控制可以找出一个简单的比喻:在人体里生活的所有细胞的密度同样也被内分泌系统和免疫系统控制。只有一种细胞是控制不了–那就是癌症细胞。如果癌症细胞能讲话的话,它们也许会有很多道理说:“我们不停地扩大是我们的权利”。但从客观的角度来看,癌症细胞在人体的扩大明明是不可持续的。人类和癌症细胞的主要区别是:人具有独立思考能力。怎么去用这个能力归于我们各自个人。

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    微光海岸

    2011年06月08日 下午 11:50| 编辑

    即使是这样,但是人本身还是一个物种,自然界依然有平衡系统在作用,比如说自然灾害(即便这样会损害地球本身)。
    或许自然界有某种系统在影响人类的思想转变,就像磁场一样的东西。

    我有时候在想,为什么我们总喜欢用更善美的眼光看待世界发展。现在就一定比以前更好吗?即使生活更便利了,但是对人类而言真的好吗?如果到地球不在适合我们生存的时候我们还没有发展出“诺亚方舟”。那该怎么办?

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